Utilizo mucho los comandos de rsync y/o scp para hacer backups del contenido de servidores Linux/Unix a mi servidor de backup.
Para el caso de maquinas con Windows utilizado la implementación de Winscp y programo los comandos necesarios para hacer esta tarea de forma automática. Por ejemplo, tengo un servidor Windows que cada día genera un Dump de una base de datos. Cada noche tengo copiar este Dump por scp desde la maquina Windows a una maquina Unix.

Para ello creo el siguiente archivo de comandos donde 192.168.34.5 es el servidor Unix de destino y bbdd-backup-full-diaria.bkf es el archivo que quiero transferir:

# contenido de comandos-backup.txt
option batch on
open root:microntraseña1234@192.168.34.5
cd /rsync/backups/servidorbbdd
option transfer binary
put c:\backups\bbdd-backup-full-diaria.bkf
close
exit

Ahora solo queda llamar al Winscp pasándole por linea de comandos las instrucciones que debe ejecutar. Si esto funciona bien podemos poner este comando dentrode una tarea programada de Windows.:

C:\ARCHIV~1\WinSCP\WinSCP.exe /console /script=c:\backups\comandos-backup.txt